Le Säntis est situé au nord-ouest des Alpes (Préalpes appenzelloises) dans la région de l'Alpstein, à peu près 10 kilomètres au sud-est de la ville d'Appenzell. Sur le Säntis, trois cantons se rencontrent : Appenzell Rhodes-Extérieures (commune de Hundwil), Appenzell Rhodes-Intérieures (arrondissement de Schwende), Saint-Gall (commune de Wildhaus).
Bien que le Säntis ne culmine qu'à 2 502 mètres au-dessus de la mer, il figure, grâce à l'isolement des Préalpes appenzelloises, à la douzième place dans les Alpes et à la vingt-neuvième en Europe pour sa proéminence.